早年無知，中年平凡，但晚年卻是一飛沖天，後世更是聲名遠揚

藍鼎元是平叛大軍指揮官、南澳總兵藍廷珍的族弟。他多次參加鄉屢試不第，在這種情況下，藍廷珍帶著這位族弟出來，也就想讓族弟混點功勞，戰後弄個小官噹噹，因此此番赴台，藍鼎元的身份是隨軍幕僚，為族兄平叛出謀劃策。但讓所有人都想不到是，此日居然在平叛過程中，起到了決定性作用。

當時，叛軍勢頭如日中天，但藍鼎元經過調查卻認為朱一貴叛軍不過是一群烏合之眾，其中大多數都是被脅迫的，也就是：「畏死脅從，知非本願，或掛名賊黨，以保身家」的普通百姓。於是，他給水師提督施世驃（施世綸之弟）的往來書信中，他主張：剿撫並用，減少殺戮。只誅首惡，脅從不問。

這份策略一出，叛軍軍心動搖，並引發了連鎖反應，清軍尚未正式進剿，叛軍便已然瓦解，藍鼎元不禁自誇起來，稱此文為「平台第一妙著也」。經此一變，島內叛軍實力大損，更嚴重的是，此時叛軍內部也發生內訌，叛軍內土豪出身的杜君英、杜會三父子因圖謀王位不成而作亂，雖沒成功但帶著部下幾萬人出走，叛軍力量因此被削弱。其他台灣本土的士紳在目睹朱一貴登基後的所作所為，就此斷定朱一貴的朝廷是一個草台班子，幾乎成不了氣候。於是不願意支持朱一貴。

六月十六日，清軍在鹿耳門登岸，打敗當地的叛軍。二十一日，台灣府城被清軍占領。叛軍準備退守諸羅，又遭藍廷珍伏兵襲擊，並於數天後收復台灣首府（今台南市）。朱一貴只能分散向島內後撤，憑藉熟悉地形的優勢進行游擊戰。

七月某夜，已經被包圍並走投無路的島內叛軍的第二號人物杜君英在藍鼎元勸說下投降，藍鼎元一直表示：「朝廷一向寬仁大義，對於投誠的叛軍皆許歸正」。杜君英這一投降，其他叛軍也紛紛投降清軍，此後，藍鼎元隨軍奔波於台灣各地，繼續負責追剿叛軍餘孽。四處躲藏的叛軍殘部陸續被剿滅或招降。而此番叛亂的最大頭目朱一貴，也在投誠叛將的誘騙之下，於當年七月初被設計抓獲。從叛亂到平息也不過三個月。

但問題是，叛亂雖然平息，但帶來的衝擊無疑是巨大的。閩浙總督滿保事後仍心有餘悸，為翦除禍源，他向藍氏兄弟下達了善後命令——在羅漢門、阿猴林、檳榔林等叛軍興起之地實行焦土政策，將台灣三縣的山民全部遷出，並封鎖所有進山通道。

藍鼎元認為這種做法極為不妥，他在給閩浙總督滿保的信中表示，強行封山遷民將面臨巨大的經濟成本和社會隱患，值此叛亂初定，更不宜再生事端。滿保閱後，當即撤銷了這些「一刀切」的命令。

藍鼎元在台灣經過調查發現，逐漸發現，這場民變的背後，就是光棍太多以及是社會疏於管理而結出的惡果，島內男女嚴重失衡的性別，依舊讓人瞠目結舌，之所以如此，就是因為滿清清擔心人口增長過快，台灣有復為邊患之地的風險，於是出於「為防颱而治台」的需要下令：「渡台者不得攜帶家眷，業經渡台者，亦不得招致。」此舉頗有「截留人質」於大陸的玩味與考量。

大量「單身漢」湧入，因無家累，政策效果適得其反。正如藍鼎元所觀察到的，「客莊居民，從無眷屬。合各府、各縣數十萬之傾側無賴游手，群萃其中，無室家宗族之繫纍，欲其不逞也難矣。婦女渡台之禁既嚴，又不能驅之使去，可為隱憂」。當養鴨人朱一貴振臂一呼，這些缺乏家庭約束的男丁很容易就被裹挾，轉化為叛亂生力軍。此後，在藍鼎元的建議下，雍正九年，朝廷開始實行憑照攜眷入台。

赴台與駐留期間，島內的經歷深深鐫刻在藍鼎元的腦海里。後來，他將所見所聞與自己的觀點全部書於紙上，寫成了《平台紀略》《東徵集》等書籍，刊印發行。但他的建議基本上都沒有被採納，乾隆五十二年當乾隆讀到藍鼎元所著《東徵集》後，不由感嘆「其言大有可采」。他還叮囑閩浙總督常青和福建巡撫李侍堯，可以借鑑一下這位治台先驅的看法與見解。